微机保护单元的抗干扰能力是一个必须引起人们注意的问题。干扰一般来自电源线、通信线、信号线与空间电磁干扰。通信线与信号线采用光电隔离措施后干扰问题可以得到解决。空间电磁干扰在保护单元本身及开关柜金属外壳作好接地之后，影响也会减小。电源线干扰相对来讲比较难以解决，而电源线的干扰容易造成死机，危害也就更大。

出现事故时，干扰会从电源线进入微机保护单元，微机保护单元抗电源干扰能力不强时，继电保护就会因死机而拒动。抗电源干扰能力较强时，有时也会出现中途死机，也就是微机保护单元程序在执行先跳闸指令后死机，这时继电保护跳闸，事故被切除，但微机保护单元中途死机，一些报警信号及事故纪录就采集不到，对事故分析就会造成影响。所以微机保护单元的电源干扰必须引起足够重视。
　　微机保护单元应集中供电，在电源出线处加装抗干扰电源箱，然后再在每个微机保护单元电源进线处加装抗干扰滤波器，加上微机保护单元本身电源的抗干扰能力，电源干扰的问题可能会得到解决。