这个要根据具体情况做选择，但我建议改正高压侧接线。
因为对于三相变压器，只要高压侧三相对称，就可以运行且低压侧三相对称，只不过相序可能不正确。对于单相用户没影响，对于三相用户有影响，主要是影响电机旋转方向。所以题主提出调整低压相序，保证设备正常运行。
如果低压是独立系统，这种方法可以，反正保证了单相和三相用户的正常用电。
如果低压系统存在和其他系统的联络，或将来会有联络的可能，则坚决不能这样接线。否则在低压合环操作的时候，因为两个系统相位不一致，会发生类似相间短路的故障。
所以，但有一丝可能，还是建议改正高压侧接线。说不能改，基本上是不想费事的托辞。

电力工作，是高危行业，需要这样一丝不苟的态度。