机械设计及其自动化与新能源专业不存在那个专业好与不好。
大学的任何一个专业，都有专业本身的特点、特色；即使是你学的专业再好，毕业后不一定能够找到与之配套的工作；也就是说，当一个人将自己的主要精力投入学习的过程中，并且在这个专业学习中鹤立鸡群，才能够在这方面独树一帜；不然会让你内心憔悴。 
新能源是目前国内大学很热门的一个学科，2018年，国内有87所大学、技术学院开设有新能源专业；它具备能源工程、流体力学、热传导学、动力机械与动力工程等基础知识。
新能源包括太阳能、海洋能、地热能、风能、生物质能和核聚变能，其应用领域十分广泛。
从以后就业角度看：
首先，新能源专业
这是个是新兴专业，这种概念性强的专业往往就是多个方面的知识大杂烩，专业性不够强、系统性难保证。
现在新能源发展也不错，所以才有这专业。但是通常是，比如新能源发电厂里主要是电气和能动专业的，他们学一部分需要的新能源知识：风力发电或者光伏发电的原理，就足够了，因为知识相通性很大，热能改成风能可能就是换个微分方程等等，没必要风能生物能化学新材料都学，所以这个专业性价比不高且与实际需求很有冲突。
其次，机械设计制造及自动化专业
机械设计制造及其自动化是个大专业，基本上是万能专业，出来只要与机械沾边的行业，都可以干，当然机械制造，一直流传着撑不死也饿不死的尴尬状态。不论你是本科生还是研究生，毕业之后无外乎几个方向。
机械领域有很多细分的行业，往往这些行业的专业性比较强，有一定门槛，薪酬待遇就远比传统的机械制造行业待遇要好很多，供你参考。
比如现在热门的汽车行业，就是机械制造行业的一个分支，整个汽车行业的人才，很多都不是车辆工程专业，一大半是机械设计制造及其自动化这个专业，其中的岗位会包括像汽车设计，汽车制造，汽车产品工程师，汽车工艺师等。