母差保护随时都应与一次接线的运行方式相适应，按照内部故障能够动作，同时外部故障不会动作的原则选择保护的方式，特殊的运行方式或操作过程中不能适应时，应将保护投单母差或解除。解除母差前，均应按稳定校核结果相应修改后备保护时间。
1、各厂站应注意母联、旁路作母联、或母联做旁路等不同运行方式时，CT回路端子的联切以及压板投切的规定。
2、电流相位比较式母差保护
3、 线路或变压器带负荷倒换母线时，投单母差；
4、 旁路兼母联的开关带线路时，投代线路单母差；
5、 当一条母线无电源或小电源时，投单母差；
6、当母联开关断开双母线仍运行时，保护解除，若稳定要求，可投单母差；
7、当任一组母线停电时，相应的母线电压闭锁压板应解除。
8、固定连接式双母线差动保护
不论母联投入或断开，只要结线按规定的固定连接方式运行，均可投双母差；固定连接方式破坏时，投单母差
1 双母线并列运行，投双母差；
2 双母线分列运行，投双母差；
3 旁路兼母联的开关代馈线运行时，投代线路单母差；
4 母联开关串代线路时，投双母差。
5 自适应式母差保护应能适应母线各种运行方式，母线倒排操作时母差保护应投运
6 分段单母线（带旁路）差动保护；
6.1 母线分段运行时，投分段母差；
6.2 旁母代线路时投单母差，但应注意二次电流方向与一次设备相对应；
6.3
当母线分列运行时（旁母和母联刀闸断开），可投分段母差，此时只有旁路开关具有选择跳闸压板时，才能代线路，但旁母开关的CT回路必须进行切换。