这两个专业就业前景都是不错的。
自动化专业是以自动控制理论为主要理论基础，以电子技术、计算机信息技术、传感器与检测技术等为主要技术手段，对各种自动化装置和系统实施控制。是计算机硬件与软件结合、机械与电子结合、元件与系统结合、运行与制造结合，集控制科学、计算机技术、电子技术、机械工程为一体的综合性学科专业。
就业前景：该专业毕业生有着广阔的就业渠道，因为自动化技术的应用广泛，其就业领域也五花八门。
未来随着自动化技术应用领域的日益拓展，对这一专业人才的需求将会不断增加，自动化专业的毕业生也将借助这一技术的广泛应用而在社会生活的各个领域、经济发展的各个环节找到发挥自己专长的理想位置。
就业趋势：学生在毕业后都能从事自动控制、自动化、信号与数据处理及计算机应用等方面的技术工作。就业领域也非常的宽广，比如高科技公司、科研院所、设计单位、大专院校、金融系统、通信系统、税务、外贸、工商、铁路、民航、海关、工矿企业及政府和科技部门等。

机械设计制造及其自动化专业培养具备机械设计制造基础知识与应用能力，能在工业主产第一线从事机械制造领域内的设计制造、科技开发、应用研究、运行管理和经营销售等方面工作的高级工程技术人才。
就业前景：机械设计制造及其自动化专业涉及机械行业中的设计制造、科技开发、应用研究、运行管理和经营销售等诸多的方向，是社会需求很大的一个行业。具体研究的内容有，开发低公害汽车发动机、提供机械性能的铝合金和形状记忆合金的新材料、研究提高汽车涡轮增压发动机性能与开发减震降噪的机械等许多课题。随着我国现代化建设的需要，在航天、造船、采矿等工业领域的发展，机械制造和自动化更加需要长足的发展，并且存在极大的发展空间。

所以小编个人认为这两个专业都挺好，个人观点，仅供参考。如何选择还是看个人兴趣吧。
机械设计制造及其自动化 的专业课程有:机械制图、工程力学、机械设计基础、电工与电子技术、微型计算机原理应用、C语言、机械工程材料、制造技术基础、液压与气压传动、机械制造工艺学、控制工程、测试技术、数控技术、金属材料、模具设计与制造，特种加工技术、计算机辅助设计与制造、先进制造技术等。
而电气自动化学的主要是电气控制方面的知识，是隶属于电气工程学院的
本专业培养能够从事与电气工程有关的系统运行、自动控制、电力电子技术、信息处理、试验分析、研制开发、经济管理以及电子与计算机技术应用等领域工作的宽口径"复合型"高级工程技术人才。
学生主要学习电工技术、电子技术、信息控制、计算机技术等方面较宽广的工程技术基础和一定的专业知识。主要特点是强弱电结合、电工技术与电子技术相结合、软件与硬件结合、元件与系统结合，学生受到电工电子、信息控制及计算机技术方面的基本训练，具有解决电气工程技术分析与控制技术问题的基本能力。
它基本 不涉及机械方面的知识。
简单的说自动化专业就是偏向电气的,主要就计算机,电气,电子,仪器仪表,软件基础等的
而机械制造及自动动化,这里的自动化原是指CAD/CAM计算机绘图.不过在自动技术的广泛应用的前提下就加入了一些电气方面的课程
总之自动化就业就是电器工程师,自动化工程师
而机械设计制造及其自动化就业 CAD/CAM 机械设计 当然也可以是自动化方面